Para celebrar el 2003, 'Year of the Blues', Bonamassa publicó 'Blues Deluxe' que contenía nueve versiones de blues clásico junto a tres originales. Esto se debió a que durante años, los fans le pidieron a Joe un álbum de blues clásico, así que cuando acabó la gira, este se metió en estudio junto a Gary Tole (David Bowie, Jimmy Vaughan, Bon Jovi) y grabó varias de sus canciones favoritas de todos los tiempos. El resultado fue que su discográfica decidió acabar el disco y lanzarlo como 'Blues Deluxe'. A estas alturas, Joe comenzó a involucrarse en un programa denominado 'Blues in the Schools', un proyecto orientado a perpetuar el magnífico legado de este estilo musical y poder hacérselo llegar a las nuevas generaciones de fans. Mediante la lectura, los jóvenes estudiantes se veían envueltos en un viaje que muestra la evolución de la música blues, desde el cumpleaños entre los trabajadores del Delta durante los últimos 1800, hasta el día actual. Las lecturas iban acompañadas de una actuación del propio Bonamassa. El siguiente CD de Bonamassa 'Had To Cry Today' continúa donde quedó 'Blues Deluxe'. Mezclando blues original y clásico, el Cd incorporaba influencias de Chicago, Delta y blues británico, creando un estilo único. Desde la música de los 40´o 50´de B.B. King, Muddy Waters y Buddy Guy, hasta la invasión británica de los Yardbirds, Clapton o Cream, 'Had To Cry', muestra todas las caras de la música de antes, con grandes influencias modernas.
En el verano del 2005, Bonamassa fue personalmente requerido por B.B. King para abrir el Tour de celebración de su 80 cumpleaños. Unos meses después (Enero 2006), Bonamassa en reconocimiento a sus esfuerzos por la promoción de la música blues en Norte América y Europa, así como sus esfuerzos por llevar el blues a las escuelas, fue nominado como el miembro mas joven de The Blues Foundation. Uno de sus últimos Cds, "You and Me", puesto a la venta el 27 de Marzo del 2006, muestra la colaboración de este artista con el productor Kevin Shirley (Led Zeppelin, The Black Crowes, Aerosmith, Joe Satriani). El productor sudafricano Shirley comentaba: "Cuando comencé a trabajar con Joe, enseguida me di cuenta de que tenía un increíble talento, pero también sabía que debía hacer algo diferente para que lo que estábamos creando no fuera un simple álbum de blues. Hay infinidad de grandísimos artistas de blues que en el fondo solo son copias de los clásicos de siempre. Yo quise dotar al blues de Joe con un poco de Rock y busqué en su interior para sacar toda su versatilidad a la guitarra y sus habilidades vocales". Al final, el resultado fue una poderosa fusión del Big rock sound y swampy blues, además de apreciarse influencias de maestros como Peter Green, Jeff Beck, Clapton y J L Hooker. Bonamassa entrega todo el excitante poder y electrizantes apariciones en directo mezclado con la esencia de su música y manejándose desde la suavidad, hasta la dureza, desde la electricidad, hasta la suavidad mas clarividente, convirtiéndose en un artista increíble a fecha de hoy, mientras continúa ampliando su colección de guitarras vintage que Bonamassa tiene en su casa de Los Ángeles.
