En 1985 lanzaron su álbum más comercial desde el punto de vista musical, 'Project: Mersh'. Curiosamente, pese a ese sonido más comercial las ventas fueron muy pobres comparadas con 'Double Nickels...', debidas principalmente a la reacción negativa de la comunidad underground, que no aceptaba un álbum tan comercial para una banda como Minutemen. Un mes después de grabar 'Project: Mersh', Black Flag y Minutemen sacaron un EP instrumental conjunto a modo de experimento llamado 'Minuteflag'. Minutemen continuó de gira, donde llegaron a tocar con otra banda por entonces emergente, R.E.M., y el último concierto que dieron fue el 13 de diciembre de 1985 en Charlotte, Carolina del Norte. Tras sacar a la venta su último álbum, '3-Way Tie (For Last)', decidieron tomarse un pequeño descanso. El 22 de diciembre de 1985 Boon falleció en un accidente de tráfico, poniendo fin a Minutemen. Watt cayó en una profunda depresión, pero la banda Sonic Youth o Ed Crawford, entre otros, le convencieron para que continuara tocando y componiendo música. Desde entonces, cada acto musical que realiza o en el que participa Mike Watt siempre se lo dedica a su amigo D. Boon.
Aquello puso también fin a los planes de la banda de lanzar un nuevo álbum con temas de estudios y temas en directo, llamado inicialmente '3 Dudes, 6 Sides, Half Studio, Half Live'. Las canciones en directo que pensaban incluir en el álbum iban a ser elegidas mediante la votación de su público. Un año después, Watt y Hurley recopilaron varias grabaciones en directo, basadas en esas votaciones, y lo lanzaron en 1986 con el nombre de 'Ballot Result'. Tras la muerte de Boon, Watt y Hurley intentaron dejar juntos la música. Sin embargo, en 1987 fueron convencidos por un fan de los Minutemen llamado Ed Crawford y formaron una nueva banda, fIREHOSE, además de otros proyectos individuales. Mike Watt ha creado tres álbumes en solitario muy aclamados; grabó otros tres como parte del grupo de punk jazz Banyan junto a Stephen Perkins (Jane's Addiction), Nels Cline (Wilco), y Money Mark Nishita (Beastie Boys); contribuyó en los temas de Sonic Youth "Providence", "In the Kingdom #19" y "Bubblegum"; estuvo de gira en 1996 como miembro de Porno for Pyros y en 2000 y 2001 con J Mascis and the Fog; y llegó a ser el bajista de The Stooges en 2003. Hurley y Watt han continuado haciendo música juntos tras disolver fIREHOSE en 1994. Minutemen fueron influenciados por bandas como Wire, Gang of Four, The Pop Group y The Urinals, y en sus primeros trabajos prácticamente todas las canciones tenían estructuras poco usuales y duraban menos de un minuto.
Aunque Minutemen eran miembros de la comunidad hardcore punk y lo expresaban en la velocidad, brevedad e intensidad de sus canciones, fusionaron punk rock con varios estilos como el jazz, el funk, el rhythm and blues y el acid rock. Minutemen eran grandes fans de Captain Beefheart, y aquello también se trasladó a sus canciones. Durante la mayoría de su carrera ignoraron la clásica estructura verso-coro-verso de las canciones, y experimentaron con todo tipo de dinámicas y ritmos musicales. Sólo en los últimos trabajos aceptaron introducir elementos musicales más tradicionales. 'Double Nickels On The Dime' mostró la influencia del funk sobre el estilo de la banda. D. Boon hizo uso de la técnica "cat-scratch" y pequeños solos de guitarra casi todo el tiempo, intercalando de vez en cuando con alguna melodía, Mike Watt demostró su gran habilidad manejando el bajo, y la batería de Hurley sonaba contundente por todas partes. Boon y Watt se repartían a partes iguales el trabajo de componer y escribir las letras de las canciones (Hurley también participaba esporádicamente en el proceso), aunque Watt raramente cantaba, y Hurley todavía menos. Las canciones de Boon eran más directas y progresistas politicamente hablando, mientras que las de Watt eran a menudo abstractas, y en muchas de ellas se recurría al humor surrealista. La filosofía "jamming econo" estaría presente a la largo de su carrera, y partía de la premisa de que era irrelevante convertirse en superestrellas; les bastaba con ganar el dinero suficiente para seguir tocando música, grabar álbumes y continuar viviendo como lo habían estado haciendo hasta entonces.